据记载，重元寺始建于梁武帝天监二年(公元503年)，与寒山寺、灵岩寺、保圣寺同时代。梁武帝萧衍以佛化治国。一时上行下效，全国崇佛。某日傍晚，住在长洲县衙西北二里处的官员陆僧瓒，见官宅上空祥云重叠，便突发奇想，立即奏请梁武帝，主动建议舍弃自家官宅，在原地改建一座寺庙，并为寺庙取名“重云”。梁武帝欣然同意，并赐匾表示嘉许，匾额题为“大梁广德重玄寺”。“重云“被误为“重玄”，是奏章转抄上递过程中的差错。重元寺一直兴盛到中唐时代。 

270多年后，时任苏州刺使的唐代大诗人韦应物曾有一首《登重元寺阁》写重元寺：“时暇陟云构，晨霁澄景光。始见吴郡大，十里郁苍苍。山川表明丽，湖海吞大荒。合沓臻水陆，骄阗会四方。俗繁节又喧，雨顺物亦康。禽鱼各翔泳，草木遍芬芳。于兹省甿俗，一用劝耕桑”。 

唐代诗人李嘉佑、皮日休、陆龟蒙等也有描写重元寺的诗作。公元842年，唐后期武宗会昌二年，中国历史上最大的一次“灭佛”运动突然爆发。朝廷对僧人展开了残酷的迫害和杀戮。苏州城里的寺庙大量被毁，僧人纷纷迁出城外，有的在别处另建新寺。离苏州城三十里的唯亭镇便出现了一座新的重元寺。原名重元寺的上海静安寺，建于唐会昌三年，很可能和唯亭重元寺是同一时期、同一背景下的产物。

吴越钱缪时代(公元908-932年)，曾对重元寺进行过大规模的修葺。重修后的重元寺，仍是一座“巨刹”，规模宏大，殿阁崇丽，寺前有两座土山，两块异石立于庭前，一尊高丈余的无量寿佛铜像屹立于中央，十六尊罗汉环立两侧。另有别院五座。

重元寺在宋朝改名为承天寺。宋宣和年间(公元1119-1125年)，又因朝廷禁止寺观桥梁以“天、圣、皇、王”等字命名，而改名为“能仁寺”。元代至顺年间(公元1330-1333年)，重元寺曾毁于火。元至正年间(公元1341-1368年)，由悦南楚和尚重建，再次恢复一新。这时的重元寺，寺内除有无量寿佛铜像外，还有盘沟大圣祠，灵佑庙和万佛阁。2003年11月，经江苏省人民政府批准恢复重建。

重元寺重建后，水止观音院——重元禅院——药师塔相互呼应，表现出莲花佛国的观音道场特色、万佛庄严的独特风貌。

抽空终于去了趟重元寺，开车前往一共花了半个小时，感受了一下水天佛国的意境。位于阳澄湖中的重元寺是苏州千年古刹的重建经典。